From: Human papillomavirus type 16 E6 variants in France and risk of viral persistence
Status | HPV 16 E6 nucleotide position | |||||||||||||||||||||||||
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Clearance* | Persistence* | 109 | 131 | 132 | 143 | 145 | 176 | 183 | 187 | 196 | 255 | 256 | 269 | 275 | 285 | 286 | 289 | 295 | 335 | 350 | 403 | 453 | 464 | 478 | 532 | (sub-) lineage |
N | N | T | A | G | C | G | G | T | A | G | G | C | G | A | C | T | A | T | C | T | A | G | A | C | A | Reference |
13 | 29 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | EUR-350 T |
6 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | EUR-350 T |
0 | 1 | - | - | - | - | - | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | EUR-350 T |
0 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | EUR-350 T |
0 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | EUR-350 T |
0 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | EUR-350 T |
22 | 27 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | EUR-350 G |
9 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | G | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | EUR-350 G |
0 | 3 | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | EUR-350 G |
0 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | T | - | - | - | EUR-350 G |
0 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | A | - | EUR-350 G |
1 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | EUR-350 G |
0 | 1 | - | - | - | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | G | - | T | G | - | - | - | - | - | NA (non-EUR) |
1 | 1 | - | - | C | G | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | G | - | T | - | - | - | - | - | - | AFR1 (non-EUR) |
0 | 1 | - | G | - | G | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | G | G | T | G | - | - | - | - | - | AFR1 (non-EUR) |
2 | 1 | C | - | T | G | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | G | - | T | - | G | - | - | - | - | AFR2 (non-EUR) |
1 | 0 | C | - | T | G | T | - | C | - | - | - | - | - | - | - | A | G | - | T | - | G | - | - | - | - | AFR2 (non-EUR) |
0 | 1 | C | - | T | G | T | - | - | - | - | - | - | - | - | G | A | G | - | T | - | G | - | - | - | - | AFR2 (non-EUR) |
0 | 1 | - | - | - | G | T | - | - | - | A | T | T | - | - | - | A | G | G | T | - | - | - | - | - | - | AFR2 (non-EUR) |
1 | 0 | - | - | - | G | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | G | - | T | - | - | - | - | - | - | AFR2 (non-EUR) |
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